O município de Quipapá teve origem sua na povoação que se ergueu no local, concentrada em redor de pequena capela que obteve o status de freguesia, com certa homenagem a Nossa Senhora da Conceição de Quipapá.

Foi desbravado pelos anos de 1630 a 1697, trabalho realizado pelos negros foragidos, que faziam parte do Quilombo dos Palmares, ergueu-se oficialmente entre 1795 e 1796, quando o capitão Francisco Rodrigues de Melo junto a sua esposa, D. Ana Maria dos Prazeres, instalaram-se na Fazenda das Panelas, resultando no município do mesmo nome.

O distrito criado com o nome Quipapá, deu-se pela lei provincial número 432, de 23 de Junho de 1857, onde ficou sob pleito do município de Panelas.

Anos mais tarde, foi elevado à categoria de vila com a denominação somente de Quipapá (lei provincial nº 1402, de 12 de maio de 1879) e instalado em 18 de julho de 1879. A ascensão ao status de município, deu-se de forma definitiva, em 19 de maio de 1900, pela Lei Estadual número 432, separando-se do município de Panelas.